Stále aktuálním a častým problémem, s nímž se pedagogičtí i jiní zaměstnanci škol a školských zařízení mylně a marně obracejí na Českou školní inspekci se žádostí o sjednání nápravy, je kritika postupu ředitele ve věcech pracovněprávního charakteru.
Je však nezbytné respektovat skutečnost, že Česká školní inspekce je jako správní úřad oprávněna vykonávat svou pravomoc pouze v mezích stanovených zákonem č. 561/2004 Sb., o předškolním, základním, středním, vyšším odborném a jiném vzdělávání (školský zákon), ve znění pozdějších předpisů, a příslušnými prováděcími právními předpisy. Působnost České školní inspekce je vymezena zejména § 174 odst. 2 a 5 školského zákona s tím, že se vztahuje na činnost škol a školských zařízení ve smyslu podmínek, průběhu a výsledků vzdělávání podle příslušných školních vzdělávacích programů, naplnění školního vzdělávacího programu a jeho souladu s rámcovým vzdělávacím programem a právními předpisy, dále se jedná o státní kontrolu dodržování právních předpisů, které se vztahují k poskytování vzdělávání a školských služeb, a o výkon veřejnosprávní kontroly využívání finančních prostředků státního rozpočtu, přidělených škole nebo školskému zařízení.
Při výkonu své funkce vůči zaměstnancům je však ředitel školy a školského zařízení povinen postupovat v souladu se zákonem č. 262/2006 Sb., zákoník práce, ve znění pozdějších předpisů. Při rozhodování podle zákoníku práce jedná ředitel zcela samostatně, a jeho postup v těchto věcech nelze posuzovat, hodnotit ani jakkoliv ovlivňovat ze strany České školní inspekce.
Kontrolními orgány na úseku ochrany pracovních vztahů a pracovních podmínek jsou zákonem č. 251/2005 Sb., o inspekci práce, ve znění pozdějších předpisů, stanoveny orgány inspekce práce, a to Státní úřad inspekce práce a oblastní inspektoráty práce. V pravomoci těchto orgánů je kontrola dodržování povinností, vyplývajících z právních předpisů, z nichž zaměstnancům vznikají práva a povinnosti v pracovněprávních vztazích včetně právních předpisů o odměňování zaměstnanců, náhradě mzdy nebo platu a náhradě výdajů zaměstnancům, dále právních předpisů stanovujících pracovní dobu a dobu odpočinku, zajištění bezpečnosti práce a dalších souvisejících právních předpisů, včetně kontrol v případech stanovených např. zákonem č. 258/2000 Sb., o ochraně veřejného zdraví a o změně některých souvisejících zákonů, ve znění pozdějších předpisů.
Inspektoráty práce kromě výkonu kontrol, ukládání opatření k odstranění nedostatků zjištěných při kontrole a dalších kontrolních činností také poskytují zaměstnavatelům a zaměstnancům bezúplatně základní informace a poradenství týkající se ochrany pracovních vztahů a pracovních podmínek, a to podle § 5 odst. 1 písm. k) zákona č. 251/2005 Sb., jímž je v § 5 odst. 2 také uloženo písemně informovat o výsledku kontroly provedené na základě písemného podnětu toho, kdo podnět podat.
Významná je skutečnost, že zákoník práce ustanoveními § 16 chrání zájmy zaměstnance zákazem jakékoliv diskriminace v pracovněprávních vztazích s povinností zaměstnavatelů zajišťovat rovné zacházení se všemi zaměstnanci, pokud jde o jejich pracovní podmínky, odměňování za práci a o poskytování jiných peněžních plnění a plnění peněžité hodnoty, o odbornou přípravu a o příležitost dosáhnout funkčního nebo jiného postupu v zaměstnání. Každý ze zaměstnanců má také nesporné právo domáhat se zákonným způsobem svých práv vyplývajících z pracovněprávních vztahů u soudu, např. s využitím zákona č. 198/2009 Sb., o rovném zacházení a o právních prostředcích ochrany před diskriminací a o změně některých zákonů (antidiskriminační zákon), ve znění pozdějších předpisů.